Добрый день!
Прежде всего, давайте упростим терминологию.
"Отделимое улучшение", каково бы оно не было - просто вещь, товар. И не более того. И Вы просто перепродаете этот товар своему арендодателю.
Цитата: Вопрос: какие документы я должна выставить арендатору: счет и акт на 50 %, или все-таки на полную стоимость?
Основной документ - договор. Можно ли заменить его только счетом? Не уверен. Слишком специфическая ситуация плюс оплата не полностью и всё сразу, а частями и долгое время.
Передача "товара" подтверждается либо товарной накладной, либо Актом приема-передачи.
Безусловно, и договор (счет), и накладная (акт) должны быть на полную стоимость продаваемого Вами товара.
И Акт (счет) на арендную плату тоже должен быть
А ежемесячно составлять акт взаимозачета на сумму, равную 50% от стоимости арендной платы. Пока задолженность арендодателя не будет погашена полностью.
Цитата: 2) у арендатора каким образом отразиться данная операция? (делать обратную реализацию они не будут, налогов много.)
Не знаю, что Вы имеете в виду под "обратной реализацией", но реализацию того, что Вы называете "отделимым улучшением" отразить придется.
Цитата: 3)а если просто сделать допник на уменьшение арендной платы в одном месяце? чем это чревато?
Как и любое другое нарушение и искажение действительности, это чревато штрафами и дополнительными финансовыми потерями.
Успехов!