Добрый день.
Цитата: ИП зарегистрировалось 05.12.2018 года. Заявление на переход на УСН с даты постановки на учет подано 09.01.2019 года. Опоздал ли ИП с заявлением
Не опоздал.
Цитата: 2. Вновь созданная организация и вновь зарегистрированный индивидуальный предприниматель вправе уведомить о переходе на упрощенную систему налогообложенияне позднее 30 календарных днейс даты постановки на учет в налоговом органе, указанной в свидетельстве о постановке на учет в налоговом органе, выданном в соответствии с пунктом 2 статьи 84 настоящего Кодекса. В этом случае организация и индивидуальный предприниматель признаются налогоплательщиками, применяющими упрощенную систему налогообложения, с даты постановки их на учет в налоговом органе, указанной в свидетельстве о постановке на учет в налоговом органе.
Поскольку 5 января 2019 - выходной праздничный день, срок переносится.
Цитата: 7. В случаях, когда последний день срока приходится на день, признаваемый в соответствии с законодательством Российской Федерации или актом Президента Российской Федерации выходным, нерабочим праздничным и (или) нерабочим днем, днем окончания срока считаетсяближайший следующий за ним рабочий день.
Уточните о применяемой системе налогообложения в ФНС, направив запрос на получение информации по форме № 26.2-7 (Приказ ФНС России от 02.11.2012 N ММВ-7-3/829@)